Para agregar mods en Project Zomboid tienes que ingresar a Files, esta en el menu superior, luego entra la carpeta .cache, luego a la carpeta Server, pinchas en el archivo PROJECT.ini
Ejemplo con este mod del workshop de Project Zomboid
En el archivo PROJECT.ini vas a la linea 55, en esta linea tienes que colocar el id del mod que quieres asi:
Cuando colocas mas de un mod lo separas con ;
Mods=PlumbHelp;
Luego vas a la linea 182 que dice WorkshopItems= y colocas el Workshop id del mod asi:
WorkshopItems=3146046428
Recuerda que si colocaras multiples ids tienes que separarlos por ; asi: WorkshopItems=514427485;513111049